Jupyter Notebookのアイコンで起動する場合は初期ディレクトリが上書きされる模様。
そのためjupyter_notebook_config.pyを編集しても初期ディレクトリは変更されない。
Jupyter Notebookのアイコンのプロパティを開くと以下の通りになっていた。
"%USERPROFILE"がホームディレクトリに相当する。
そのため、この部分を変更すればよい。
例えばホームディレクトリにあるDropboxのフォルダを指定したい場合は、
"%USERPROFILE/Dropbox"
とする。
以上